Как выставить права на файл на девайсе?

Любым SFTP файловым менеджером (например WinSCP) через iTunnel (как настроить iTunnel) или через Terminal на девайсе.
Программы типа iFunBox не могут выставлять права.

Как выставить права через Terminal

• Если терминал не установлен, то скачать из Cydia приложение Mobile Terminal
• После запуска терминала набрать команды:

su
alpine
chmod 755 /PATH_TO_FILE/FILE_NAME

где PATH_TO_FILE - полный путь к файлу, например /Applications/missiondeepsea/ и FILE_NAME - имя файла.

Вместо команды chmod можно использовать chown, тогда у файла будут изменены не права доступа, а владелец, например:

chown root:admin /PATH_TO_FILE/FILE_NAME